大型在线太空游戏完善了蛋白质的定位

由Hanae Armitage

黑暗和无名的宇宙漂流者已经开始威胁着我们世界的稳定。 您的任务(如果您选择接受)是分析在这些外国对手上收集的DNA数据,以便我们可以解开其生物学的秘密。

这是沉浸在庞大的多人在线计算机游戏EVE中的成千上万在线游戏玩家的任务。 这是一款全球流行的基于太空的角色扮演游戏,玩家可以在此进行自己的科幻冒险,并且一年以来,它一直是名为Project Discovery的巨大公民科学工作的平台。

描述该工作的论文发表在《 自然生物技术》上

由KTH皇家技术学院副教授,斯坦福大学遗传学客座副教授Emma Lundberg博士领导的Project Discovery旨在通过寻求EVE电脑游戏玩家的帮助来增进对蛋白质在细胞中位置的了解。 (尽管在游戏中,这些蛋白质的图像被标为Drifter DNA的片段)。

EVE参与度很高,有时玩家不得不等待情节线展开。 因此,在停工期间,游戏玩家可以访问Project Discovery,这是一个“小型游戏”,受过训练,他们可以从人蛋白质图谱中识别不同蛋白质的图像以及通常发现这些蛋白质的细胞区域。 在一年的过程中,约有300,000个用户在Project Discovery上总共花费了70个工作年(全职员工一年工作约2,087小时)。

有些人学到了科学,有些则没有,这实际上只是一个匹配的游戏。 不同的形状,结构和颜色与特定的蜂窝壁pair配对,并且游戏者将相应的配对配对。 为了激励游戏玩家,那些参与Project Discovery的人将获得可以在EVE宇宙中使用的代币奖励。

通过努力,伦德伯格赢得了小名声:她拥有一个化身,向所有想要在游戏中“解码Drifter DNA”的人描述Project Discovery。 “我可能是少数几个从事计算机游戏的在世科学家之一,”她笑着对我说。

Project Discovery团队收集了一年的匹配数据,之后他们分析了玩家的准确性。 事实证明,游戏玩家的表现与AI图像分类模型一样出色。 伦德伯格说:“很高兴知道我们的众包服务能够获得高质量的数据,而与用户的动机无关。”

玩家的数据甚至帮助完善了一些已知的蛋白质位置,从而阐明了蛋白质在细胞中的位置。

伦德伯格说:“我们还能够突出显示在单元中发现的称为’杆和环’的结构。” “杆和环的功能尚未真正了解,但游戏玩家发现了这些结构中还存在另外10种蛋白质,我们希望这样的发现可以帮助科学家了解其在细胞中的作用。”

伦德伯格说,关于“项目发现”的好处是,它可以通过其他科学家继续存在,他们可以根据自己的目的重复使用框架和自己的图像。 她说:“现在,瑞士的一个研究小组正在使用它来寻求发现系外行星的帮助。” “因此,我们希望Project Discovery可以帮助其他科学家更便宜,更快,更有效地完成他们的工作。”

下一步,隆德伯格(Lundberg)向公众发布新挑战。 这项挑战由一家技术初创公司在9月启动,并于9月启动。这项挑战要求公众设计一种算法,该算法比受过专业训练的生物学家更好地匹配蛋白质及其细胞内壁ni。

伦德伯格说,尽管这一挑战不是一场比赛,但她希望她能继续利用游戏化作为未来吸引成千上万公民科学家的一种方式。

艾玛·伦德伯格(Emma Lundberg)提供的Project Discovery屏幕截图


最初于 2018 年8月22日 发布在 scopeblog.stanford.edu